Malmö FF grundades den 24 februari 1910 av spelarna från BK Idrott som tidigare hade slagit sig samman med IFK Malmö, men som nu bröt sig loss på grund av intensiva konflikter. Då valde klubben att spela i rödvitrandiga tröjor, men sedan 1920 är det ljusblåa tröjor som gäller. Malmö FF kallas därför för Di Blåe.
1931 spelade Malmö FF för första gången i allsvenskan och det första SM-guldet bärgades 1943. Klubben växte snabbt till en storklubb i Sverige och då man vann allsvenskan 1950 hade man vunnit 20 av de 22 matcherna med en total målskillnad på 82-21. Samma år slog man även rekord med 23 raka segrar i allsvenskan.
Under 1960- och 70-talet blev Malmö ännu starkare under ledning av Bob Houghton och med spelare som Bosse Larsson, Staffan Tapper, Roy Andersson och Jan Möller blev klubben även framgångsrik i Europaspelet. 1979 nådde Malmö FF final i Champions League (dåvarande Europacupen) där man förlorade mot Nottingham med 1-0. Trots förlusten var placeringen en enorm framgång för svensk fotboll och Malmö FF tilldelades Svenska Dagbladets bragdmedalj 1979.
Under denna period samlade Malmö FF på sig enormt mycket rutin från Europaspel, och fram till i dag har klubben deltagit i Champions League 11 gånger, Cupvinnarcupen 6 gånger, Uefacupen 14 gånger och Intertotocupen 28 gånger.
I allsvenskan fick Malmö FF hård konkurrens av IFK Göteborg under 1980-talet, men det förhindrade ändå inte Malmö från att vinna allsvenskan fem år i rad, 1985-89. Men det var endast 1986 och 1988 som klubben kunde koras till svenska mästare, eftersom allsvenskan på den tiden avgjordes i ett slutspel.
Efter framgångarna under 70- och 80-talet blev 90-talet en dyster period för Malmö. Visserligen nådde de ofta topplaeringar, men SM-gulden uteblev och 1999 åkte Malmö FF ur allsvenskan, vilket var första gången sedan 1936. Malmö tog sig dock snabbt tillbaka till allsvenskan anförda av den nya supertalangen Zlatan Ibrahimovic.
Zlatan såldes för 82,5 miljoner kronor och Malmö FF fick därmed pengar att bygga upp ett nytt storlag med. Med spelare som Peter Ijeh, Niklas Skoog Jon-Inge Höiland och Daniel Majstorovic vann MFF guld 2004. Därefter har dock klubben haft det tyngre då man slutat på femte, sjunde och nionde plats fram till säsongen 2008.
I dag tränas klubben av Roland Nilsson och nyckelspelare är Ola Toivonen, Jonas Sandqvist, Jimmy Dixon och Daniel Andersson.